Hei!

Mitt navn er Kathinka, og jeg går andre året medisinsk teknologi på UIB. Sammen med Julie har jeg vært så heldig å fått praksis hos Patologi i Vest (PiV), som holder til på Eitri, Haukeland. Her har vi blitt tildelt hver vår arbeidsplass, hvor vi får være med å bidra i gruppen som jobber mot å digitalisere patologitjenesten i Helse Vest. Gruppen består av folk med forskjellig bakgrunn og kompetanse, hvor det i Bergen spesielt er fokus på prosjekter knyttet til sykdom i nyren.

Vår oppgave er å lage en automatisert analysemetode, som kan detektere endringer i kvalitet på farging, både innad samme og mellom flere såkalte «Whole Slide Images» (WSI). Disse bildene gjennomgår nemlig immunohistokjemisk farging (IHK) med hematoxylin og DAB, der kvaliteten på fargingen varierer. Dette både ved falske negative og/eller seksjoner med unormal farging. Ettersom IHC er et viktig verktøy for å stille diagnoser, blant annet kreftdiagnoser, vil et verktøy som kan stadfeste dag-til-dag endringer i fargeprosessen, bidra til økt kvalitet på farging av WSI’ene, som igjen kan føre til mer pålitelige analyser og resultater.

Til nå, har mesteparten av tiden gått til å sette oss inn i det som ble utviklet av fjorårets praksisstudenter (shoutout til Eivind og Thea). Dette innebærer arbeid med cellesegmentering samt klassifisering av celler, der det skilles mellom plasmaceller, andre celler eller annet. Denne prosessen visualiseres under, der det først (fra venstre) gjøres celle annoteringer, så cellesegmentering og deretter celleklassifisering.

Figur 1: Celle annotering, celle segmentering og celleklassifikasjon

 

Videre jobber vi med å finne en god metode for å sammenligne fargeintensitet i brunfargen innenfor annoterte celleområder. Her har det blitt undersøkt og forsøkt en hel del metoder, spesielt dette med å sammenligne piksler innenfor annoteringer, men mesteparten av dem ble forkastet da de ble for innviklet. Det siste vi satser på nå, er å bruke informasjon om gjennomsnittlig, median, min, max og standardavvik på Hematoxylin og DAB, for å på et vis danne fargeprofiler som er lette å sammenligne.

Figur 2: Hematoxylin-verdier for leverceller

 

Oppgaven våres innebærer mye prøving og feiling, som er svært lærerikt, men også veldig spennende. Det er ikke minst veldig trivelig å komme på praksisen, med masse hyggelig folk og en gruppe det er lett å ta del av. Vi ser fram til resten av praksisen hos PiV, og håper vi klarer finne en løsning på prosjektet vårt 🙂