Hei igjen!
Kathinka her. Det har skjedd mye siden sist innlegg! For det første er vår tid hos PiV snart over, og vi har bare én dag igjen på praksisen. Oppgaven våres var å finne et verktøy som kvalitetssikrer immunohistokjemisk (IHK) farging av «whole slide images» (WSI). Dette med et formål om å lage en modell som detekterer variasjon i fargingen, samt skille ut outliers.
Vi har dessverre ikke kommet helt i mål med prosjektet vårt, men likevel har vi kommet langt på veien. Som forklart i tidligere innlegg, har celledeteksjon samt klassifisering av celler, gjort det mulig å hente ut gjennomsnitt, median, min, max og standardavvik av Hematoxylin- og DAB-verdier for hver enkelt piksel innenfor hver detekterte celle. Her hvor Hematoxylin representerer blåfargen i bildet, mens DAB representerer brunfargen. Brunfargen betyr positivitet for den markøren vi ønsker å oppdage, i vårt tilfelle lambda lette kjeder, en del av immunglobulin.
Med denne informasjonen, har vi gjennom mange visualiseringer forsøkt å se om det er en sammenheng mellom Hematoxylin- og DAB-verdier, og faktisk fargekvalitet. Etter flere analyser mener vi det er en sammenheng mellom disse, og at dataene kan brukes til å avgjøre om det er variasjon i IHK farging. Eksempelvis kan en visuelt se at bilde 353 har mindre brunfarge enn bilde 203. Dette viser seg igjen i fremstillingen av en gjennomsnittlig brunfarge i de ulike bildene, hvor 353 er venstre forskjøvet, som tyder at bildet inneholder lave brunfarge-verdier (DAB). Bilde 203 er mer høyre forskjøvet, som tyder på høyere brunfarge-verdier.
Figur 1: Sammenligning av WSI (40x zoom) vs. visualisering av verdier for brunfarge.
Men, for å kunne bruke dataene trengs det enda flere analyser som bekrefter vår hypotese. Vi håper derfor noen (kanskje neste års praksisstudenter?) har lyst til å ta prosjektet videre!
For å få bedre forståelse for det vi jobbet med, fikk vi også en grundig omvisning på patologi avdelingen. Her fikk vi se hele prosessen fra start til slutt, fra innsamling av vevsprøver, til skjæring og farging, som til slutt resulterte WSI bilder. Det var veldig lærerikt å se alt arbeidet som lå bak bildene vi jobbet med. Samtidig fikk vi et innblikk i hvor tidskrevende arbeidet på labben var, som var motivasjon for arbeidet vårt, ettersom verktøyet vi jobbet mot forhåpentligvis ville gjort jobben deres litt enklere.
Hver uke har vi vært på møter, både med alle i prosjektet, men og individuelle møter med veilederne våre. Dette har vært til stor hjelp, hvor vi stadig har fått tilbakemeldinger samt råd om hvordan ta steget videre. Samtidig har vi fått være med på ting utenom arbeidstid, som middag etter jobb, samt tur til Stavanger på prosjektmøte. Vi har med andre ord blitt godt tatt imot på praksisplassen, og det blir trist å si hade til en så fin gjeng! Samtidig er vi fornøyde med innsatsen vi har lagt i prosjektet, og føler arbeidet vi har gjort har blitt satt pris på. Det har vært et veldig spennende og lærerikt prosjekt!
Her er et bilde av gjengen 🙂
Figur 2: Fra venstre; Sabine, Kathinka, Julie, Hrafn