Hei igjen! Julie her! Vi har hatt noen fremskritt på prosjektet siden sist. Vi er faktisk ferdig med praksisperioden vår allerede i neste uke og det siste som gjenstår for oss nå er å ferdigstille og lagre alt vi har gjort slik at prosjektet kan tas opp igjen til eventuelle nye studenter. Prosjektet er nemlig ikke fullført enda, men vi har ført det et stykke videre.

Målet vårt var jo å lage en automatisk analyse som kan kontroll sjekke immunohistokjemiske farginger på whole slide images (WSI). Etter sist innlegg så begynte vi med å prøve å eksportere alle pixelverdiene som var inni annotasjonene vi hadde laget. Dette viste seg å være vanskelig så vi konkluderte med at det ikke var veien å gå. Vi fant etter hvert en innebygd funksjon i QuPath som kunne eksportere alle målinger for oss. Da vi brukte denne funskjonen så kunne vi lagre all data som en csv fil som inneholdt mye informasjon om hver deteksjon. Veien videre har handlet om å visualisere dataen vi har fått, noe vi har jobbet med frem til nå. Figur 1 viser visualiseringen som har vist best resultater. Vi kunne tydelig se forskjell i kurvene mellom fargingene, som kunne oppdage altfor svake farginger.

Figur 1 – visualisering der vi har fått inn all data fra alle WSI vi har fått. y-aksen: count, x-aksen: fargestyrke.

Utenom selve prosjektet vårt har vi også fått vært med på mye forskjellig under praksisperioden vår. Vi fikk en omvisning på patologilabben som var veldig spennende. Her fikk vi se hvordan prosessen fra mottak av vevsprøver til at man får ut et WSI (som er det vi jobber med) er. Det er mange «stasjoner» en prøve skal gjennom før den skal skannes og bli digitalisert til et WSI. Blant annet skal den støpes og farges. Når vi var innom rommet der de makroskopisk vurderer vevsprøver så fikk vi også se hvordan en syk nyre kan se ut.

 

Figur 2 – slide stainer som farger vevssnittene

Figur 3 – maskin som farger immunohistokjemi (IHC) og in situ hybridisering (ISH)

Siste uken fikk vi være med på prosjektmøte i Stavanger. Da var det både avdelingen i Bergen og Stavanger som møttes, og en fra Karolinska Institutet i Sverige som var på møtet. Møtet ble holdt på Jernaldergården som er et museum i Stavanger. Vi fikk både lunsj, omvisning og middag på dette museet. I starten av møtet holdt alle en kort presentasjon om hva man holder på med, og på slutten var det snakk om litt større prosjekter som ble jobbet med.

Vi er som sagt straks ferdig med praksisperioden, og det har vært en lærerik prosess med mange oppturer og noen nedturer. Vi har hatt en bratt læringskurve og jeg føler jeg sitter igjen med en god erfaring som vil være fint å ta med seg videre.