Hei, Anne Mari her igjen! No nærmar det seg snart slutten på praksisperioden til meg og Martine hos PiV. Sidan sist har vi fått ferdiggjort koden der vi ekstraherer nyre-tubuli ut frå større nyre-histologisnitt. Det var veldig kjekt å få til, sjølv om det har vore litt problematisk til tider. Vi har trudd at vi har klart det fleire gongar, men så har vi oppdaga små feil i koden som gjorde at vi ikkje fekk tilfredsstillande resultat. Blant anna har vi måtte «stain-normalisere» tubuli-patchane (små bildeutsnitt frå tubuli). Stain-normalisering betyr å utjamne fargeforskjellar i histologisnitt. Når vev blir farga med kjemiske fargestoff kan det oppstå små variasjonar i fargane som vert nytta. Ved stain-normalisering sørger ein for at alle tubuli-patchane får same fargeprofil, noko som er nyttig fordi det fjernar støy for maskinlæringa.
No skal derimot alt vere i orden og vi har gått vidare i arbeidet med klyngig/clustering. Clustering betyr at vi brukar ikke-veiledet maskinlæring for å finne felles karakteristiske trekk blant tubuli. Vidare brukar ein desse karakteristiske trekka til å gruppere dei tubuli med like eigenskapar inn i same klynger. No arbeider vi med å teste ut ulike clustering-strategier for å sjå om vi får grupperingar som samsvarer med patologisk klassifikasjon, eller om det eventuelt oppstår nye grupperingar.
Sidan sist har vi også fått omvising på patologi-laboratoriet. Det var veldig kjekt å sjå korleis bileta vi jobbar med blir prosessert! Først blir ein biopsi tatt, før den vidare blir analysert og behandla av bioingeniørar. Ein viktig del av denne prosessen er at vevs-prøven blir farga, slik at ein kan sjå celler og andre strukturar i histologisnitta. Arbeidet som blir gjort her på laboratoriet er svært viktig for at patologar kan få stille dei rette diagnosane, men også for at vi skal kunne forske vidare på ulike sjukdommar.
Elles jobbar vi for tida med å forberede oss til ein konferanse som vi kanskje skal delta på. Konferansen heiter MMIV og handlar om digital medisinsk avbilding og visualisering. Martine og eg håpar vi får moglegheit til å delta med ein plakat om prosjektet vårt og gleder oss til å få vist fram kva vi har jobba med.
Eg synest denne praksisperioden har vore veldig lærerik og gøy! Her har eg fått god nytte av emna INF100, INF161 og BMEDFYS, i tillegg til at eg har lært mykje meir om både programmering, maskinlæring og nyre-patologi. Eg er veldig takknemleg for all kunnskap eg har fått her og vil ta med meg desse erfaringane inn i resten av studietida og framtidig arbeidsliv. Eg synest det har vore veldig kjekt å fått ta del i eit slikt viktig prosjekt og sjå korleis forsking fungerer. Takk for all god hjelp frå alle dei tilsette i PiV på Eitri – de har gjort praksisoppholdet til ein veldig positiv oppleving!
Beste helsing Anne Mari
