Hei! Nå begynner vi å nærme oss slutten på praksisoppholdet hos PiV Bergen. Siden sist har det skjedd masse! Vi har kommet mye lengre på prosjektet vårt med å få gode clusters av nyre tubules og Stine har vært på tur med de ansatte til Stavanger.

Først litt om hva som har skjedd med prosjektet vårt: Sist gang vi skrev til dere hadde vi akkurat begynt å sette oss inn i prosjektet. Da var det første delmålet å se på hvorfor modellen clustret slik den gjorde. Å clustre betyr at vi har en modell som prøver å samle de datapunkene, i vårt tilfelle så er dette bilder av tubules, som modellen mener hører sammen. For å finne ut hva modellen faktisk mente hørte sammen, så erstattet vi figurene som representerte den patologiske klassifiseringen med de faktiske bildene av nyre-tubulesene. Figur 1 viser hva som ligger bak hver figur og hvordan den samler de store tubulesene nede og de små oppe i figuren.

Figur 1. Visualisering av hvorfor modellen clustrer slik som den gjør. Visualiseringen til venstre viser clustrene, og den til høyre viser de faktiske bildene av tubulesene

Neste steg som vi gjennomførte var å finne en metode som skal måle hvor god vår clustering er. Vi har laget både internal og external målingsmetoder. Internal målinger ser på hver enkelt cluster og sammenligner de med de reelle kategoriene. External målinger ser på seperasjonen mellom clusterene og hvor mye de overlapper. Optimalt sett vil vi ha renest mulig cluster med god seperasjon mellom hverandre. Når dette var på plass kunne vi begynne å teste flere features modeller og teste hvilken som er best til tubule bildene. 

Per dags dato holder vi fremdeles på med videreutvikling av features. Vi bruker anbefalte modeller fra veilederen vår Hrafn, samtidig som vi prøver nye fra GitHub. Det å hente modeller fra nettet, gir oss god lærdom i hvordan implementere andre sine publiserte koder i våre egne koder. Denne delen av prosjektet krever litt prøving og feiling, men vi håper å finne en feature modell som gjør clusteringene våre renere og mer separert. 

Vi var også innom patologilabben, der vi fikk se hvor bildene av tubulesene våre kommer fra. Dette var kjempe spennende og det er virkelig et presisjonsarbeid for å kunne skape så gode bilder. Tidligere ble alle histologislides analysert manuelt ved å se gjennom et mikroskop, men nå blir alle bilder digitalisert og scannet. Det er dette som er grunnlaget for at man kan drive forskning og utvikling av digitale verktøy på histologi bilder.

PiV, patologi i Vest, består av en gruppe i Bergen og en i Stavanger. De samles over en periode på tre dager omtrent to ganger i året for å diskutere hvor langt gruppen har kommet med de forskjellige prosjektene og hvordan de best kan jobbe videre. Det var bare Stine som hadde mulighet til å reise og det jeg sitter igjen med er at det er en virkelig dyktig gjeng som jobber med og forsker på hvordan man best kan utnytte morgendagens teknologi for å bedre diagnostisere pasienter og kunne gi de en bedre prognose. Det var mye som var utenfor mitt nivå av forståelse men jeg lærte virkelig mye! 

Figur 2. Gruppebilde av de som var i Stavanger. Stine er 4. fremme fra høyre

Takk for oss! Vi har lært masse som vi får bruk for videre i studiet og i arbeidslivet!

Hilsen Stine og Andrea <3