Hei! 

Jeg heter Julie og er dette semesteret i praksis hos Patologi i Vest (PiV). Her jobber jeg sammen med Kathinka for å videreføre et prosjekt som tidligere medisinsk teknologi studenter begynte på i 2023. PiV har kontorer på Eitri, Medical Incubator, på Haukeland, hvor vi også har fått egen arbeidsplass. Målet for vårt prosjekt er å lage en automatisk analyse som kan observere farging av immunohistokjemi (IHC) fra dag til dag på «Whole slide images» (WSI). Dette gjøres for å kunne detektere falske negative eller unormale farginger av seksjoner. Bilde 1 viser et WSI hvor de brune flekkene er plasmaceller.  

Bilde 1 – WSI  

De tidligere studentene klarte i sin praksisperiode å lage en klassifiseringsmodell som kunne skille mellom plasmacellene og cellekjerner. Bilde 2 illustrerer slik det vil se ut når man bruker klassifiseringsmodellen på et WSI. 

Bilde 2 – WSI med klassifiseringsmodell 

Det var altså her vi startet med vårt prosjekt og de første ukene gikk til å bli kjent med QuPath som er et program som er brukt i digital patologi og man kan anvende whole slide images i dette programmet. Etter det så jobbet vi med å bruke klassifiseringsmodellen, som også tok litt tid siden QuPath var et helt ukjent program for oss. Når vi hadde klart dette så var neste mål å prøve å hente ut alle pixelverdiene til hver og en annotasjon (en annotasjon er en liten polygon som omringer en av cellekjernene eller plasmacellene). Dette syntes å være vanskelig og det virket ikke som noen hadde gjort noe lignende før, så vi la fra oss den veien å gå, og prøvde heller å hente ut alle annotasjonene i hvert bilde. Vi eksporterte alle annotasjonene og informasjonen om hver annotasjon til en csv fil som vi kunne laste inn i python. Det siste vi har gjort er å framstille informasjonen til annotasjonene i hvert bilde i histogrammer. Resultatene fra disse histogrammene skal vi prøve å bruke til å vurdere kvaliteten av stainingen (fargingen). 

 

 

Bilde 3- Histogram over målingene for hematoxylin i negative lever celler 

 

Vi har også vært med på en markering av et fullført prosjekt som de har jobbet med i PiV siden de har fått et ferdig produkt. Da var vi med ned på patologilabben og så på det nye produktet. Her snakket de som hadde jobbet med prosjektet og man fikk høre litt om veien deres til mål. Etterpå var det en liten feiring med kake og boller.