Hei igjen fra oss på Gades! 

Siden sist har det vært litt endringer i prosjektplanen. Originalt skulle vi se på tre ulike biomarkører for CAF-ene (Cancer Associated Fibroblasts), men instituttet har hatt problemer med å få tak i riktig antistoff til to av markørene. Dermed er denne delen blitt lagt på is slik at vi ikke rekker å se på disse bildene. I tillegg viser det seg at annoteringen er veldig tidkrevende slik at det i grunnen holder å fokusere ordentlig på én biomarkør.  

Den biomarkøren vi har jobbet med heter α-SMA (α-Smooth Muscle Actin). Den finnes i en sub-type av CAF som heter myCAF. Disse CAF-ene kan bidra til kreftutvikling ved at de produserer kollagen som inngår i ekstracellulær matriks. Stroma rundt tumor har derfor en kompleks rolle og kan blant annet fungere som en beskyttende fysisk barriere rundt kreften. Når vi nå har annotert i QuPath har vi møtt på en ganske stor utfordring, nemlig at α-SMA også utrykkes (og dermed også farges) av glatt muskulatur som vi finner i arterier og arterioler. Disse er over alt i biopsisnittene og de må fjernes fra stroma annoteringene for å unngå at disse tas med som andel CAF som uttrykker α-SMA. Programmet skiller nemlig ikke mellom disse, den ser bare på intensiteten av fargen og ikke struktur eller plassering. Det har derfor vært utfordrende å differensiere mellom hva som er blodkar og hva som kan være CAF-er. I realiteten er det kun patologene som har nok kunnskap til å kunne identifisere ulike strukturer i stroma og hva som burde tas med. Etter møter med patologene har vi da måttet gå tilbake å endre/fjerne mer av ‘stainingen’, noe som har tatt tid. 

Bilde 1 viser et biopsisnitt fra bildeanalyseringsprogrammet QuPath. Rosa ring markerer farging av glatt musklatur i arterieveggen (blodåre) og grønn ring markerer farging av antatt CAF. Resterende brunfarge gjenstår å karakterisere som enten CAF eller blodåre.  

Vi ser nå frem til å ferdigstille annoteringene og begynne på analysedelen av prosjektet. Fremover skal vi se på prosentandel farget område i stroma, altså α-SMA presenterende CAFs, og utforske om det finnes en korrelasjon mellom dette og pasientenes overlevelse. Vi skal lage beskrivende statistikk og plots for å visualisere resultatene. Ellers ser vi tilbake på en fin praksisperiode med kræsjkurs i tumor histopatologi og utrolig hyggelige og engasjerte veiledere! Tusen takk for oss <3 

Helle&Mina😌