Hei! Eg heiter Anne Mari og er i praksis hos PiV dette semesteret saman med Martine. PiV står for «Patologi i Vest» og er eit stort forskingsprosjekt der dei arbeider med utvikling av KI-verktøy i patologi-tenesta. Målet er ikkje at KI skal erstatte patologar, men vere med på å effektivisere patologi-tenesta slik at ein får raskare og meir presis diagnostikk. Dei har ei avdeling i Stavanger som hovudsakleg fokuserer på kreftdiagnostikk, medan dei i Bergen forskar på kroniske nyresjukdommar. Faktisk er det anslått at innan 2040 vil nyresjukdommar vere den femte største dødsårsaka i verda, framfor alle typar kreft. Det er med andre ord eit svært viktig arbeid vi få ta del i!
PiV i Bergen har kontor på Eitri på Haukeland, der Martine og eg disponerer kontorplass i fine lokalar. Dei tilsette er ein fin gjeng med tverrfagleg kompetanse slik at dei har god kunnskap om både patologi og datavitskap. Prosjektet til Martine og eg går ut på å ekstrahere nyre-tubuli frå histologisnitt av nyre, der vi vidare skal bruke tubulus-patchene (små bildeutsnitt frå tubuli) til klynging (clustering) for å finne dei karakteristiske trekka. Dette er nyttig for kartlegging av det morfologiske mangfaldet av nyre-tubuli og for å kunne identifisere dei tubuli som har same sjukdomseigenskapar. Prosjektet vårt er på eit vis forarbeidet til medtek-studenten Haakon sitt masterprosjekt, der han skal arbeide med klassifisering av tubuli.
Så langt har arbeidet hovudsakleg gått ut på å lage ein kode for å kunne ekstrahere tubuli utifrå større nyre-histologisnitt. Dette har vi gjort i Jupyter Notebook saman med programvara QuPath som er eit digitalt patologi-verktøy. Bilete 1 er eit utdrag frå QuPath der ein patolog har annotert nokre av tubuli vi skal ekstrahere. Dei ulike fargane viser til om tubules er normal eller om det er teikn til sjukdom. Ved å studere bilete ser ein at tubuli har veldig forskjellig størrelse og morfologi. Vi har difor prøvd ulike måtar å klippe tubuli ut på: basert på sin eigen størrelse, den største tubulus, skalert dei, og prøvd å maskere bakgrunnen. Kva metode som faktisk er best må vi finne ut av når vi arbeider vidare med klynging.
Eg synest praksisen har vore veldig gøy og lærerik til no. Vi har fått utfordra oss på programmering i python og lært meir om nyrepatologi. Kvar veke har vi møte med Borghild som hjelper oss med å løyse problema vi støyter på, samt at ho kjem med innspel og råd. Ho har sjølv gått medtek og blei ferdig med masteren sin i vår som ho skreiv hos PiV. Det er veldig kjekt å samarbeide med ho, samt å få eit innblikk i korleis arbeidslivet kan sjå ut. Elles har vi også møte med alle dei andre tilsette ein gong i veka der vi få ta del i planlegging og oppdatering av kvarandre sine prosjekt.
Eg gler meg til å arbeide vidare med prosjektet og sjå kva vi får til
- Vennleg helsing Anne Mari
