Hei!

Har du hørt om PiV? PiV er strategisk forskningsprosjekt i Helse Vest som har som mål å utvikle metoder som kan transformere data fra patologilaboratorier til meningsfull klinisk informasjon med særlig anvendelse for utvikling av bildeanalyse-metoder ved hjelp av kunstig intelligens. Det er her vi, Malin og jeg (Martine), har vært så heldige å fått praksisplass. Vårt prosjekt har som mål å forsøke å finne en metode for å kvalitetssikre om farging av vevsnitt i nyrebiopsi er gjort godt, altså om fargingen er bra nok. Dette er noe som per i dag gjøres manuelt av patologer.

Tidligere praksisstudenter, Thea og Eivind, trente og lagde modeller som markerer celler i et program som heter QuPath og inndelte cellene i tre kategorier – positiv, negativ og other. Deretter holdt Julie og Kathinka på med å analysere data som hentes fra QuPath og lagde diverse modeller og grafer for å framstille resultatene. Det er her Malin og jeg skal fortsette. Vi skal videreføre analysen og se på om det er en sammenheng mellom bildene som er dårlig farget og diverse resultater.

Her er et eksempel på et vevssnitt i QuPath.

Vi begynte med å sette oss inn i hva prosjektet gikk ut på. Grunnet at det er ganske omfattende og relativt komplisert tok dette litt tid. Det første som var litt utfordrende var å få åpnet all data i QuPath og få kjørt koden i VScode. Etter litt endring i filbaner og lignende gikk det til slutt.

Ellers får vi delta på møter hver uke. Vi har hatt flere «undervisnings»-møter hvor vi har kunnet stille spørsmål om prosjektet. I tillegg har Sabine forklart oss om patologi og disse immuncellene som vi sitter og ser på i vevssnittene. Vi har og blitt vist hva som er en god farging og hva som ikke er like god – slik at vi kan bruke det når vi jobber med bildene for å se om det er sammenheng.

Her er et bilde av Sabine, Malin, Meg og Mari.

Teamet vi har vært så heldig å bli kjent med er vår praksisveileder, Mari Måløy Alsaker, som også er tidligere medtek-student. Ellers består teamet her i Bergen av overlege i Patologi Sabine, Hrafn som er postdoc, Maya som er dataingeniør og flere.

Hilsen Martine Haaland