Hei!
Denne høsten har vi (Sara og Isabelle) fått praksisplass hos C-MYC. C-MYC, Center for Myeloid Blood Cancer, er en forskningsgruppe på Haukeland universitetssykehus som jobber med å forstå kreft på cellenivå og forsker på AML og CML, som er henholdsvis akutt og kronisk myelogen leukemi.
Vi har fått deltatt i et prosjekt som er sentrert rundt massecytometri-plattformen, som er en enkeltcelle teknologi som brukes til å analysere immunceller i blod- og beinmargsprøver for å bedre forstå sykdomsforløp og behandlingsrespons i akutt og kronisk myelogen leukemi, men også i andre kreftformer og sykdommer.
Vi har i løpet av praksisperioden fram til nå fått være med på ulikt laboratoriearbeid. Vi har blant annet arbeidet med to ulike leukemicellelinjer: MV4-11 og OCI-AML3. Vi har fått vært med på tining av disse krypopreserverte cellelinjene, studert og sammenlignet veksten og levedyktigheten til disse cellelinjene i to ulike dyrkingsmedier, og gjennom regelmessig celletelling av cellene har vi fått praktisk erfaring med dyrkning av celler.
Selve massecytometri-analysen krever grundig og nøyaktig forarbeid på laben. I prosjektet vi er med på inngår det også drug screening, hvor målet er å undersøke hvordan kreftcellene responderer på ulike medikamenter. Det er PBMC (mononukleære celler fra perifert blod) som benyttes. Videre i denne fasen har vi vært med på å lage en antistoff-cocktail merket med tunge metall-isotoper. En Antistoff-cocktail er en blanding av mange antistoffer der hvert antistoff er koblet til en unik metall-isotop, og hver av disse antistoffene og metallisotopene er nøye utvalgt med hensyn på hensikten av CyTOF-kjøringen. Ved hjelp av denne cocktailen, eller rett og slett blandingen, kan man analysere over 30-40 ulike markører samtidig på hver enkelt celle i CyTOF-maskinen. Deretter utførte vi antistoff-farging av cellene slik at spesifikke overflate- og intracellulære markører kan detekteres på enkeltcellenivå.
De behandlede prøvene ble kjørt med CyTOF-instrumentet. Kjøringen ga oss et datasett, som videre måtte prosesseres for å hente ut ønsket informasjon. Siden massecytometri genererer store mengder flerdimensjonale data så har vi nå begynt å lære og bruke programmeringsspråket R for å prosessere og analysere CyTOF-dataene. Dette innebærer å bli kjent med pakker for datatransformering, kvalitetssjekk, gatering og visualisering for å identifisere celletyper og endringer.
Vi trives godt her hos C-MYC, og gleder oss til resten av praksisperioden hvor vi skal gjennomføre vårt eget eksperiment med egne cellelinjer.
Med vennlig hilsen
Isabelle og Sara