Hei, jeg heter Ole. I høst har June og jeg gleden av å ha praksisplass ved Patologisk avdeling, Gades-instituttet, Haukeland universitetssjukehus. Den første dagen møtte vi veilederen vår, Vladan Milosevic, og fikk en omvisning på instituttet. Samme dag fikk vi en innføring i prosjektet vi skulle jobbe med de kommende månedene.

Vladan jobber med et spennende prosjekt som i hovedsak går ut på å kartlegge forskjeller i cellesammensetning mellom lymfeknuter med metastaser og lymfeknuter uten. For å samle inn rådata benyttes en avansert bildeteknologi kalt IMC (Imaging Mass Cytometry). IMC gjør det mulig å påvise over 40 ulike proteiner samtidig i en vevsprøve; i vårt tilfelle legger dette til rette for kartlegging av den romlige organiseringen til mer enn 800 ulike celletyper. Metoden er i hovedsak en kombinasjon av immunhistokjemi (IHC), en laboratoriemetode som bruker antistoffer for å påvise proteiner i en vevsprøve, og massespektrometri (MS), en kvantitativ analysemetode som brukes til å bestemme massen av atomer og/eller molekyler i en prøve.

IMC benytter antistoffer merket med stabile isotoper av metaller som normalt ikke finnes i biologiske prøver. For å generere selve bildet rettes en UV-laser mot det fargede vevssnittet, der den sekvensielt fordamper (ablaterer) et område på 1 μm² om gangen. Fra hvert ablaterte område transporteres en gassky som inneholder metallionene fra det spesifikke punktet, til massespektrometeret, der metallisotopene påvises og kvantifiseres. Etter hvert som laseren beveger seg over vevet rute for rute, genereres et kunstig bilde som bevarer informasjonen om hvor de ulike proteinene befinner seg i prøven.

Rådataene fra IMC-instrumentet er i utgangspunktet ikke et standardbilde, men snarere en omfattende liste med tall som angir type og mengde metallisotoper registrert i hvert enkelt punkt på vevsprøven. Følgelig må rådataene gjennomgå en rekke bearbeidingstrinn for å gi tolkbare resultater. Ved hjelp av avansert programvare og cellesegmentering kan individuelle celler identifiseres, slik at man kan skape et tolkbart bilde av vevsprøven. Bildet nedenfor viser et område av en vevsprøve med fargingsmønstre fra seks ulike antistoffer fra vårt IMC-panel.

Proteinene som registreres på vevsprøven, fungerer som molekylære markører som tillater identifisering av spesifikke cellulære undergrupper. Siden ulike celletyper og undergrupper kjennetegnes av bestemte sammensetninger av disse markørene, gjør dette det mulig å skille cellene presist fra hverandre. Dette gjør at vi kan kartlegge nøyaktig hvordan de ulike undergruppene er plassert og organisert i vevet i forhold til hverandre.