I høst har jeg (Herman) vært i praksis hos C-MYC; Center for Myeloid Blood Cancer på Haukeland universitetssykehus sammen med Lykke-May.

Sist dere hørte fra meg skrev jeg om labarbeidet vårt fra en studie på kronisk myelogen leukemi (CML). Da analyserte vi hvordan en kreftcellelinje responderte på ulike cytostatika (kreftmedisin) med 1 time virkningstid. Når prøvene våre var klare for analyse ble de kjørt i CyTOF-en som produserer store mengder data. Det vi har gjort den siste tiden er dataanalyse av disse dataene for å undersøke virkningen av de forskjellige kreftmedisinene.

For å analysere dataene fra CyTOF-en var vi nødt til å benytte kodespråket R. Dette var helt nytt for oss begge, men det tok ikke veldig lang tid å sette seg inn i. Dataanalysen bestod hovedsakelig av å visualisere cellene som ble behandlet med ulike medisiner opp mot kontrollen vår. Vi brukte derfor mye tid på å lage ulike heatmaps og plot for å studere virkningen av medisinene fra forsøket. Vi har sett på hvordan uttrykket av ulike proteiner og celletyper endret seg over tid. Ved behandling mot kreft forventer vi å se nedgang i enkelte celletyper. Gjennom visualiseringene ønsket vi å forstå hva som skjer inni cellene etter at de har blitt tilsatt medisin, samt om disse endringene holder seg over tid. Det har vært spennende å se effekten av kreftmedisinen og hvordan ulike signalveier kan inhiberes. Videre kan dette anvendes til å kontrollere og predikere effekten av en spesifikk medisin for enkeltpasienter, og det har vært veldig interessant å få delta i et slikt prosjekt.

Dette er et bilde av et heatmap som jeg har laget for analysen av de tre parallellene i forsøket vårt. Her ser man utrykket av ulike markører og hvordan de er i forhold til kontrollen vår med DMSO. Ut fra dette kan man se om kreftmedisinen har hatt en positiv effekt for prøven.

I tillegg til dette har vi også fått delta i mindre oppgaver på laboratoriet som har gitt oss en nyttig opplæring i ulike laboratorieteknikker, prøvehåndtering og bruk av avansert utstyr som CyTOF. Arbeidet med enorme datasett og koding i R har vært utfordrende, men det er veldig gøy å se resultatene når det til slutt funker.

Alt i alt har praksisperioden vært veldig givende. Vi har fått delta på alle slags prosjekter og lært veldig mye om hvordan det er å jobbe på laboratorie, databehandling og generelt om forskningsprosessen. Vi har fått innblikk i hvordan forskning kan bidra til å forbedre behandlingen av alvorlige sykdommer som har vært utrolig spennende.

-Herman Reffhaug Hulbak