Hei! Det har skjedd en del siden sist. Vi fikk være med på tur til Haukeliseter, der vi holdt en presentasjon av arbeidet vårt så langt. I tillegg fikk vi tilgang til 30 nye bilder, som ga muligheten til å utvide analysen og gå dypere inn i prosjektet.
Malin og jeg kjørte opp til Haukeliseter en mandags morgen, spent for en innholdsrik opplevelse. Der oppe deltok vi på møter, middager, tur og mye kjekt. Tirsdag var vi med i en «fast-forward»-runde, hvor hver enkelt presenterte sitt arbeid, hvilke utfordringer de møter og de resultatene de har oppnådd så langt. Malin og jeg holdt et kort foredrag om vårt prosjekt, der vi beskrev metodene vi bruker og delte de foreløpige funnene våre. Det var veldig spennende å høre på de andres prosjekter og resultater.
Bilde 1: Her er Scatterplottet som vi viste fram på Haukeliseter. Det viser antall positive celler i Tonsil vs. Appendix for både gode og dårlige bilder.
Bilde 2&3: bilder fra Haukeliseter.
Tilbake på Eitri har vi konsentrert oss om å prosessere de 30 nye bildene vi fikk tilgang til. Dette har vært en tidkrevende prosess, da hver kjøring av analysen i Qupath kan ta opptil 20 minutter per bilde. Årsaken er at koden utfører en omfattende deteksjonsprosess som identifiserer og markerer cellene i vevssnittet, noe som er ressurskrevende på grunn av det høye antallet celler i hvert bilde. For å optimalisere tiden, valgte vi å fokusere på ett vevssnitt, nemlig appendix, da det tydelig demonstrerte forskjeller mellom gode og dårlige bilder. Etter at cellene i appendix i de nye bildene var detektert og gruppert, integrerte vi dataene i den eksisterende koden. Dette gjorde det mulig å inkludere de nye resultatene i scatterplottet vi allerede hadde.
Bilde 4: Her er Scatterplottet som med de nye detekterte bildene, antall positive celler i Appendix mot DAB-verdier og hver prikk representerer bilder med forskjellig kvalitet.
Vi har analysert sammenhengen mellom antall detekterte celler (positive og negative) og ulike kontrollvevstyper. Blant de mest interessante funnene var korrelasjonen mellom antallet positive celler i appendix og DAB-intensitetsverdier. Appendix, som er ett av de to kontrollvevene som forventes å inneholde mange positive celler, utgjør et verdifullt referansepunkt for vurdering av bildekvalitet. En høy forekomst av positive celler i appendix kan indikere en vellykket fargeprosess. Når de nye bildene ble integrert i det eksisterende scatterplottet, dannet de en egen gruppering med betydelig høyere verdier for både antall positive celler og gjennomsnittlig DAB-intensitet. Dette avviket kan skyldes forskjeller i fargeprosessene eller bruk av ulike skannere for de nye og gamle bildene.
Prosjektperioden hos PiV ble avsluttet før vi fikk anledning til å fordype oss i flere aspekter og utarbeide ytterligere visualiseringer. I vårt arbeid fokuserte vi på å skille mellom gode og dårlige bilder, og foreslo en horisontal terskelverdi på omtrent 500 positive celler i appendix, samt en vertikal terskel for DAB-intensitet plassert til venstre for bilde 208 i scatterplottet. Videre analyser av bilder fra samme år og skanner kunne gitt verdifull innsikt i hvordan tekniske faktorer påvirker resultatene.
Til tross for begrenset tid har dette prosjektet gitt oss gode erfaringer og en solid forståelse av forskningsmetodene som ligger til grunn for visualisering og analyse av vevsbilder. Det har vært utrolig spennende å få et innblikk i arbeid som potensielt ligner det jeg selv kan ende opp med å jobbe med etter endt studie. Jeg er svært takknemlig for tiden hos PiV og muligheten til å lære og utvikle meg gjennom praksisen. Det har også vært en stor glede å samarbeide med Malin gjennom hele prosessen <3
Hilsen Martine