Hei igjen!

Det er lenge siden forrige oppdatering, og nå har min praksisperiode hos PiV dessverre gått mot slutten. Heldigvis har jeg og Martine gjort gode fremskritt siden sist.

Prosjektet vårt har dreid seg om å utvikle et verktøy som automatisk kan sjekke og evaluere daglige endringer i immunhistokjemisk farging av vevssnittbilder fra nyrebiopsier. Etter at vi ble bedre kjent med prosjektet, begynte vi å lage ulike scatterplott for å visualisere dataene vi hadde tilgjengelig. Gjennom disse visualiseringene oppdaget vi at bilder vurdert som «dårlige» av en patolog ofte hadde færre positive celler i appendix og tonsil, samt lavere DAB-fargingsverdier sammenlignet med gode bilder. Dette gjorde at vi begynte å tenke på om antallet positive celler i tonsill og appendix og DAB-verdiene kunne brukes til å indikere fargingskvalitet.

Figur 1: Scatterplott som viser antall positive celler i Tonsil vs. Appendix for gode og dårlige bilder.

Til å begynne med hadde vi kun tilgang til 15 vevssnittbilder, men ettersom det var nødvendig med flere bilder for å kunne trekke en konklusjon, fikk vi tilgang til 28 flere bilder mot slutten av prosjektet. For å bruke dataen fra disse bildene måtte vi kjøre celledeteksjon og klassifisering i QuPath, som tok omtrent 20 minutter per vev i hvert bilde. Vi valgte derfor å kun hente ut data fra appendix, ettersom denne dataen virket mest lovende for å skille mellom gode og dårlige bilder.

Da vi la til de nye bildene i scatterplottet, så vi ikke den tydelige gruppeinndelingen vi håpet på. Vi hadde forventet at de nye bildene, med ukjent bildekvalitet, ville gruppere seg tydelig sammen med enten de gode eller dårlige bildene. I stedet så vi at de nye bildene hadde generelt sterkere farging, noe som vi også ser i scatterplottene. Dette kan skyldes en systematisk feil, ettersom vevssnittbildene som sammenlignes er fra ulike år og det har blitt brukt forskjellige typer skannere, slik at fargingsprosessen ikke har vært helt lik. For å skille mellom gode og dårlige bilder har vi likevel foreslått en horisontal terskel på rundt 500 positive celler i appendix, samt en vertikal terskel for DAB-intensitet som ligger til venstre for bilde 208. Det hadde imidlertid vært ideelt å ha flere bilder fra samme år og med samme skanner som de vi allerede har data om bildekvaliteten for, slik at vi kunne validert disse terskelverdiene bedre. Selv om vi ikke hadde nok tid til å fullføre dette, kan våre resultater være et utgangspunkt for videre arbeid med dette prosjektet hos PiV.

Figur 2: Scatterplott som viser antall positive celler i Appendix mot DAB-verdier for bilder med ulik kvalitet.

Selv om mye av tiden hos PiV har gått med til jobbing med prosjektet, har vi også fått vært med på mye annet spennende. Vi har blant annet fått en omvisning på både patologilaboratoriet og immunlaboratoriet på Haukeland, hvor vi fikk innsikt i hele prosessen bak vevssnittbildene vi har jobbet med. Vi fikk se hvordan vevsprøver samles inn, samt prosessen med skjæring og farging av prøven, som til slutt ble til vevssnittbilder. Det var lærerikt å se hele prosessen bak et slikt bilde, og det ga oss en dypere forståelse for prosjektet vi jobbet med.

Vi fikk også være med PiV på deres prosjektretreat til Haukeliseter fjellstue, hvor Bergen- og Stavangergruppen møttes. Her deltok vi i møter over to dager og fikk høre om planene for videre samarbeid mellom gruppene, samt om PiVs fremtid. Alle deltakerne holdt en «fast forward» -presentasjon der de presenterte status i sine nåværende prosjekter, samt utfordringer og resultater. Martine og jeg presenterte vårt prosjekt, inkludert utfordringene vi har møtt og resultatene vi har oppnådd så langt. Selv om mye av tiden gikk til prosjektmøter, var det også tid til sosiale aktiviteter, blant annet fjelltur og bålkos på kvelden. Vi nøt god frokost, lunsj og middag fra restauranten på Haukeliseter, noe som føltes som en luksus for oss studenter!

Figur 3: Bilder fra en lærerik og hyggelig tur til Haukeliseter.

Jeg er veldig takknemlig for tiden jeg har hatt hos PiV, og alt det spennende jeg og Martine har fått være en del av. Jeg er lært mye nytt og fått verdifull innsikt i hvordan arbeidslivet kan se ut etter fullført studie.

-Malin