Hei!

Jeg heter Thea og jeg går andre året på medisinsk teknologi på UiB. Dette semesteret er jeg på praksis hos Patologi i Vest (PiV) sammen med Eivind. Vi holder til på Eitri, Medical Incubator, på Haukeland der vi har egen arbeidsplass som vi jobber på. Prosjektet vårt omhandler anvendt digitalisering av patologitjenesten i Helse Vest.

Bergensgruppen jobber for det meste med prosjekter knyttet til nyre-sykdommer. Vårt prosjekt går ut på å lage en automatisk analyse for å observere dag-til-dag variasjoner på såkalte «whole slide images» (WSI) farget av immunohistokjemi (IHC) for å detektere falske negative eller unormalt fargede seksjoner. Mer spesifikt skal vi undersøke kvaliteten på fargingen («staining») til IHC på ikke-neoplastiske nyrebiopsier. Kontrollvevet som ofte brukes inneholder plasmaceller da det både uttrykker immunoglobuliner og lette kjeder. Disse er viktige når det kommer til diagnostikk i kroniske nyresykdommer. Plasmaceller er derfor passende når det gjelder diagnostikk i nyrebiopsier.

Immunohistokjemi (IHC) kombinerer histologiske, immunologiske og biokjemiske teknikker for å identifisere spesifikke komponenter i vevet. Histologi omfatter læren av vev og immunologi baserer seg på kunnskapen om antistoffer og antigener. Det brukes ulike kjemiske sammensetninger for å få frem det en ønsker å detektere – for eksempel kreftceller og plasmaceller. IHC er et viktig verktøy for å stille kreftdiagnoser eller andre sykdommer.

Kontrollsnittene vi ser på har gått igjennom en prosess for å kunne brukes i digitalisert patologi. Vi var så heldige å kunne komme innom immunlabben nå i starten av mars for å få en grundigere gjennomgang av dette og se på maskinene som blir brukes. Her fikk vi gått igjennom hele prosessen fra en biopsi (startprodukt) til at snittet er klart til å visualiseres og detekteres i systemene deres.

Vanligvis sitter vi på arbeidsplassen vår og jobber med prosjektet vårt. Vi er her som oftest to dager i uka. Mesteparten av tiden jobber vi med prosjektet vårt, men får også tatt del i ukentlige møter med Bergensgruppen og få hørt hva de andre holder på med. Vi har også ukentlige møter med veilederne våre for å følge med på progresjon og få innspill der vi står fast.

Prosjektet vårt er både tidkrevende med mye prøving og feiling, men utrolig lærerikt. Videre nå skal vi jobbe med celledeteksjon og lage en maskinlæringsmodell for å kunne detektere plasmaceller og fargeintensitet av brunfarge. På denne måten skal vi kunne avgjøre om det er svak, medium eller god «staining» på plasmacellene. Vi ser frem til tiden fremover utover våren og håper vi finner en løsning på prosjektet!

 

Her kan dere se noen av maskinene som brukes for å farge vevssnittene med antistoffer. Hver maskin tar 30 prøver hver med snitt og prosessen tar vanligvis rundt 3 timer.

Her er flere kontrollsnitt som er det vi jobber på med i prosjektet vårt. Hver lille rute (de litt grumsete områdene) inneholder fire snitt. To av snittete vet vi skal være negative og to skal være positive (cellene farges brunt som på bildet under).

Det som er farget brunt her er typiske plasmaceller (positiv celledeteksjon). Det som er farget er cytoplasmaen og det ufargede delen i midten er cellekjernen (nucleus).