Hei Bloggen! Mitt navn er André og jeg er i dette semesteret på utplassering på Gades laboratorium for patologi sammen med Martine. Vår oppgave er å prøve å finne en metode for å kvantifisere mitokondrier i kreftceller ved hjelp av kunstig intelligens. Patologene vi samarbeider ønsker å finne ut av om kreftceller kan ta opp mitokondrier fra andre, friske celler i kroppen, og dermed øke sin egen energiproduksjon.

Store deler av vår tid på praksisen er på MIC, Molecular Imaging Center, på Haukeland. Her jobber vi i et dataprogram som heter Imaris. Dette er et interaktivt analyseprogram som lar oss bruke bilder tatt med mikroskoper til å rekonstruere celler i 3D, og å hente ut mye nyttig statistikk. I starten ble vi bare «kasta» foran PC-en og måtte finne ut av hvordan vi kunne løse problemet. Dette har gitt oss mye erfaring i at selv om man har et sterkt ønske om hva man vil finne ut av, og en klar plan, må det mye prøving og feiling til før man kommer frem til noe man er fornøyd med. Når vi til slutt klarte å lage en metode for å få de dataene vi ønsket, hadde vi klart å omgjøre et 3D-bilde av en kreftcelle med mitokondrier, til en figur med tilhørende statistikk.

Cellene blir visualisert ved hjelp av fluorescens, noe som betyr at cellene vil lyse opp i ulike intensiteter. For oss betyr det at vi må dele opp store snitt med mange celler, til et lite bilde med bare et par celler der cellene lyser med cirka lik intensitet. Dette gjør at datainnsamlingsdelen av prosjektet tar lang tid. Det er i situasjoner som denne vi har lært å sette pris på at vi fikk utdelt all dataen av Nello til semesterprosjektet i INF161.

De neste ukene fremover vil gå til å bli ferdig med datainnsamlingen. Da sitter vi forhåpentligvis med nok data til at vi kan begynne å leke og lete etter spennende sammenhenger. Så får vi se om INF161 lærte meg nok data science til å klare å konkludere med noe når vi er ferdig med dette prosjektet.