Hei igjen! Jeg heter Malene og er i praksis på Gades Institutt på Haukeland, og her er en liten oppdatering på hva som har skjedd siden sist. Vi fikk utdelt oppgaven som praksisoppholdet hovedsakelig dreier seg om. Det var en omfattende oppgave som går ut på å annotere hundrevis av celleprøver. Det vil si at vi skal markere hva som er kreftceller og hva som er stroma i de ulike prøvene. Celleprøvene er farget med fargestoff som markerer reseptorene CD4, CD8, CD14, FoxP3, PD1, PD-L1 og CD68. Vi skal finne ut av hvor stor prosentandel av kreftcellene og av stroma som tester positivt for reseptorene. Disse reseptorene kan fortelle noe om hvordan pasientene vil reagere på ulike medisiner og behandlinger. Ved å se på immuncellene er det mulig å se hvordan en pasient ville reagert på immunterapi, og det er derfor også viktig å se på cellene i stroma og ikke bare kreftcellene. PD-L1 er for eksempel en reseptor som kan gjøre at kreftcellene blir resistent mot medisiner. Dermed er dette svært nyttig informasjon før valg av behandling. CD4 markerer T-hjelpeceller og CD8 markerer T-lymfocytter. Mange positive T-lymfocytter i nærheten av krefttumoren kan indikere at pasienten vil respondere bra på immunterapi.

Jeg fikk i oppgave å annotere CD14 og FoxP3 reseptorene, noe som har vært veldig interessant, men samtidig svært tidkrevende. Det ser ikke ut som at jeg rekker å bli ferdig med alle annoteringene før praksisoppholdet er over, men jeg tar likevel med meg mye ny kunnskap. På bildet under ser vi hvordan annoteringene ser ut i QuPath der det røde markerer kreftcellene og det grønne markerer stroma. Programmet teller hvor mange celler det er i markeringene, og videre vil de kunne bruke det til å forbedre automatiseringen av markeringene. Arbeidet føles dermed veldig betydningsfullt med tanke på at vi er med på å bidra til digitaliseringen av patologi.

Arbeidet har i seg selv vært ganske ensformig med tanke på annoteringene, men vi har også fått vært med på en presentasjon av en doktorgrad student om histopatologiske trekk. Da fikk vi en del informasjon om tumor fronten, hvor dypt den skal markeres og ulike mønster krefttumoren kan ha. Det gjorde at jeg forstod mer av hva jeg har markert og kunne kategorisere krefttumorene ut ifra det. Praksisoppholdet har totalt sett vært veldig bra for å kunne se hvordan patologer arbeider, og hvordan digitaliseringen av patologi er nødvendig for å spare mye tid. Det har også gitt meg et bedre innblikk i behovet for medisinsk teknologi i framtiden.