Hei! Jeg heter Sirawan og er i praksis sammen med Ulrik hos Gades laboratorium for patologi, som tilhører klinisk institutt 1 på Haukeland Universitetssykehus.

På vår første dag fikk vi en omvisning av laboratoriet på Patologisk avdeling. Der fikk vi se hvordan de tok vevsprøver fra oralt plateepitelkarsinom (OSCC), altså kreft som oppstår i munnhulens plateepitel. Vi fikk innblikk i prosessen med immunhistokjemisk farging, som innebærer at vevsnitt først gjennomgår avparafinering og rehydrering før de inkuberes med spesifikke antistoffer. Antistoffene binder seg til aktuelle proteiner i vevet og visualiseres ved hjelp av DAB-farging. DAB-fargingen gjør det mulig å se cellene bedre når de skal analyseres.

Prosjektet vi er en del av går ut på å undersøke immunsjekkpunktmolekylene B7-H3 og B7-H4, som tilfører B7/CD28-familien, og se på hvordan de kan regulere T-celleaktivering ved OSCC. B7-H3 kan ha både stimulerende og hemmende effekter på T-celler. B7-H4 er derimot ofte oppregulert i kreft, altså de er mer til stede i kreftceller.

Vi skal også se på om immunsjekkpunktmolekylene påvirker om svulstene fremstår som «varm» eller «kald». Hvis en svulst fremstår som varm vil den være inflammatorisk, og ha påvirkning på behandlingsrespons og prognose. Målet med analysen er å bidra til bedre risikostratifisering og mer målrettet behandling.  Dette kan gjøres ved å se på sammenhengen mellom de ulike markørene.

Etter at vevsprøvene er ferdig farget og scannet, blir de overført digitalt til programmet QuPath. Her annoterer vi hvilke områder som inneholder tumor og hvilke som består av stroma. Etter mange timer i QuPath har vi lært at kreftceller ofte er mer deformerte, større, uorganiserte og kommer ofte i grupper slik at man får «tumor islands». Normale celler er vanligvis mindre og mer organiserte. Denne kunnskapen bruker vi når vi markerer tumorområdene digitalt. Videre skal vi bruke annotasjonene til å kvantifisere positive celler og tumorarealet. Resultatene overføres til et excel-ark for å få oversikt over både pasientene og kreftcellene.

Her er et bilde av hvordan en TMA slide og en kjerne i QuPath ser ut. Hver pasient er representert med omtrent 2 kjerner hver i en TMA-slide. En TMA-slide inneholder informasjon på hvilke kjerner som hører til hvilke pasienter, som gjør at vi kan koble funnene til korrekt klinisk informasjon. Det som er markert i rødt er tumor, mens det som er markert i grønt er stroma.

Vi har fått 40 slike ark, og bruker per dags dato rundt 4 timer på å annotere en TMA-slide. Så vi har altså mange lange dager foran oss!